北交所交易手续费和沪深交易所并不完全一样，二者在费用结构上相似，但核心费率存在明确差异，整体交易成本北交所略高于沪深市场。
北交所与沪深交易所均包含佣金、印花税、过户费、经手费四大核心项目，且收费规则基本一致。佣金由券商收取，双向收取，监管上限为成交金额的3‰，单笔最低5元，实际费率可与券商协商；印花税为国家统一征收，仅在卖出时单边收取，费率为0.5‰，三大市场标准完全相同；过户费由中国结算公司收取，双向收取，费率为0.01‰，北交所与沪市一致，深市此前免收，目前已统一执行该标准。
二者最关键的差异在于交易经手费，这也是北交所交易成本更高的主要原因。根据证监会及交易所最新规定，自2023年8月28日起，北交所经手费为成交金额的0.0125%（万1.25）双向收取，而沪深交易所经手费为0.00341%（万0.341）双向收取，北交所经手费是沪深的近3.7倍。北交所的规费（经手费+过户费）合计为万1.35，沪深市场规费（经手费+证管费+过户费）合计约万0.641，北交所基础规费成本显著更高。
北交所与沪深也存在细微差别。虽然监管上限相同，但部分券商对北交所交易的默认佣金费率会略高于沪深市场，且协商优惠的灵活性相对较低。不过对于资金量较大、交易频繁的投资者，仍可通过与客户经理协商，将北交所佣金降至与沪深相近的水平，部分券商甚至能提供统一的低佣政策。
了解这一差异至关重要。北交所主要服务创新型中小企业，股票波动性和风险相对较高，叠加略高的交易成本，投资者在制定交易策略时需更注重成本控制。高频交易用户应优先选择佣金优惠力度大的券商，尽量将综合费率压至最低，以抵消北交所基础规费较高的影响。
